This is an appendix to: On The Origin of The Containment Entity - 2
Link: KU982976.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KY566209.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(10),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(10),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(11),
AAC(10), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(8), TCA(10), TCG(10), AGT(11),
AGC(11), UCU(9), UCC(8), UCA(10), UCG(10), AGU(11), ACT(12),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(12), GTT(8), GTC(9), GTA(10),
GTG(10), GUU(8), GUC(9), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: HQ848267.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KJ645653.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH726394.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MN692775.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KF600627.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(9), UUU(11), UUC(9), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(12), CUU(12), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK071639.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: LC063829.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KR265761.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: LC488390.2
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(7), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 872
UGU(11), UGC(10), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(8), AUU(10), AUC(9), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(5), CCA(8), CCG(7), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(7), CGA(8), CGG(6), AGA(9),
AGG(8), CGU(8), TCT(11), TCC(10), TCA(11), TCG(7), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(10), UCA(11), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(11), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KU308549.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KP143509.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 908
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(12), GGC(10), GGA(9),
GGG(10), GGU(12), CAT(8), CAC(7), CAU(8), ATT(10), ATC(9),
ATA(8), AUU(10), AUC(9), AUA(8), AAA(9), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(10), CUU(9), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(10), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(11), CGC(9), CGA(8), CGG(10), AGA(9),
AGG(10), CGU(11), TCT(10), TCC(12), TCA(8), TCG(10), AGT(11),
AGC(8), UCU(10), UCC(12), UCA(8), UCG(10), AGU(11), ACT(9),
ACC(9), ACA(8), ACG(8), ACU(9), GTT(12), GTC(11), GTA(11),
GTG(9), GUU(12), GUC(11), GUA(11), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(8), UAU(9), UAC(8),
Link: MW202340.1
Human coronavirus 229E (respiratory metagenome)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(9), UUU(11), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(12), CTG(8), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(12), CUG(8), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(8), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(12), UCC(8), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: GQ427176.1
Turkey coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(11), AUU(10), AUC(10), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MN114121.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MT797634.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(8), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(8), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KR265819.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KR265769.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KU851860.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MW351623.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(10), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MK409657.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ473800.1
BtMf-AlphaCoV/HeN2013
Codon (Counts):
GCT(8), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(8), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 901
UGU(11), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(10), GGC(9), GGA(8),
GGG(7), GGU(10), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(11),
ATA(10), AUU(9), AUC(11), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(11),
AGG(10), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(11), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KY688122.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT021230.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KY581698.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH004421.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 898
UGU(9), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(9), TTC(12), UUU(9), UUC(12), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(11), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(11),
CAA(9), CAG(10), CGT(11), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(11), TCT(11), TCC(11), TCA(8), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(11), UCA(8), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(7), ACU(10), GTT(12), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(12), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MF769441.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MT226607.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LC063832.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 895
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH004415.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 896
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GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KF961222.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
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TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX108940.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 900
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TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX302860.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
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GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598665.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
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GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF598717.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK564475.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(11), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
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GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(10), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH013466.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(9), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
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AGC(9), UCU(11), UCC(11), UCA(8), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(7), ACU(10), GTT(11), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ425494.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
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CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
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AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX364295.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 878
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
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GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598616.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
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ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265765.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 902
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
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AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
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AGC(9), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KJ569769.1
Porcine coronavirus HKU15
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
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GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
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CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: LC260040.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(12), GCC(9), GCA(8), GCG(10), GCU(12), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
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CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(8),
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GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(7), TAC(10), UAU(7), UAC(10),
Link: KT121579.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 903
UGU(11), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(12), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(12), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(10), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(9), GTA(10),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN794188.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
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CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(10), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(8), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(8), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KJ584361.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
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CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
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GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MG763935.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
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CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF000458.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 906
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
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CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN249445.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
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GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
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CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KT368881.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX252775.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 881
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF769418.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX981440.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
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CUA(12), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ425502.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH006957.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(9), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
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GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
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CTC(9), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(11), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(11),
CAA(9), CAG(10), CGT(11), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(11), TCT(11), TCC(11), TCA(8), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(11), UCA(8), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(7), ACU(10), GTT(11), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KF600620.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(12), TTC(9), UUU(12), UUC(9), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
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AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MF769436.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
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GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LC488389.2
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(7), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(7),
TTT(12), TTC(11), UUU(12), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(8),
ATA(9), AUU(11), AUC(8), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(6), CCA(8), CCG(6), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(7), CGA(7), CGG(6), AGA(9),
AGG(8), CGU(8), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(7), AGT(9),
AGC(8), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: MN548288.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 885
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(12), AUU(10), AUC(9), AUA(12), AAA(10), AAG(8), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(11), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KR265799.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KX154694.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KY581693.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK993519.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 865
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MF598596.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MZ325487.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MG913342.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 882
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(9), UUU(9), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KT368851.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KM403155.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH726406.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KT368862.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265803.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 902
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MF598638.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK071633.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KU981060.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 868
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KP118892.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 876
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KJ425485.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 888
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK625641.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 866
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ601778.1
Deltacoronavirus PDCoV/USA/Illinois134/2014
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 874
UGU(8), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(10),
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CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KY293678.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 866
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MT226603.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KF853202.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(10), CAU(8), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(11), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(11), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: KR265787.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH052684.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MF598654.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH938450.1
Alphacoronavirus Bat-CoV/P.kuhlii/Italy/206679-3/2010
Codon (Counts):
GCT(8), GCC(8), GCA(9), GCG(8), GCU(8), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 880
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(10), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(9), AUU(10), AUC(7), AUA(9), AAA(11), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(6), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(8), CGG(7), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(7), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(7), TAC(10), UAU(7), UAC(10),
Link: KX839246.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(9), AUU(11), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(11), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(10), UAU(8), UAC(10),
Link: KU215423.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 910
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(10), TCT(12), TCC(9), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(12), UCC(9), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: KY363867.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 875
UGU(8), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(10),
ATA(10), AUU(11), AUC(10), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(11),
AAC(8), AAU(11), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK071624.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MN758614.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: NC_048216.1
NL63-related bat coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(8),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(8), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(8), AUU(10), AUC(7), AUA(8), AAA(11), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(10), TTA(8), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(10), UUA(8), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(8), AGA(7),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(12),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(12), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(11), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KR003452.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KY983587.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(8), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(8), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(8), UCU(12), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(9),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KR265778.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MN692779.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: LC063828.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 895
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KP209308.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LR812927.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH726369.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
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