This is an appendix to: On The Origin of The Containment Entity - 2
Link: MT625963.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MF924725.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 890
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(12), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(12), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MG428703.1
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 862
UGU(10), UGC(10), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(6), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(11), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(7), CCU(8),
CAA(10), CAG(8), CGT(8), CGC(7), CGA(8), CGG(6), AGA(9),
AGG(8), CGU(8), TCT(11), TCC(7), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(7), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(12),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(12), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(8), UGG(8),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ425497.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 888
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KC008600.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 885
UGU(11), UGC(10), GAT(10), GAC(7), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(9), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KT374051.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 903
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(12), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KY825241.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MN120513.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT381613.1
Porcine coronavirus HKU15
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MH061337.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MK138516.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MW202337.1
Human coronavirus NL63 (respiratory metagenome)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 869
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(11),
AAC(10), AAU(11), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(7), CCU(8),
CAA(9), CAG(8), CGT(9), CGC(7), CGA(8), CGG(6), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(8), TCA(10), TCG(7), AGT(9),
AGC(8), UCU(12), UCC(8), UCA(10), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(12), TAC(9), UAU(12), UAC(9),
Link: KP118882.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 876
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MN781985.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 862
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(8), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(8), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: EF185992.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(9), AUU(11), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(11),
AGG(7), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(11), UAU(9), UAC(11),
Link: KF600651.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265762.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KJ156910.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 903
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(12), TTC(9), UUU(12), UUC(9), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(12), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(12), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(9), GTA(10),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KM975741.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KT368890.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK129253.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 909
UGU(10), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(11), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(10), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(11), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH891586.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KX900411.1
Transmissible gastroenteritis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(10),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265824.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KY829118.1
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 883
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(7),
TTT(12), TTC(11), UUU(12), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(8), AUU(10), AUC(7), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(11), AAU(10), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(7), CCU(8),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(8), CGG(6), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(11), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(8), UCA(11), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(11), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH734115.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 909
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(12), CUU(12), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(8), TCA(11), TCG(9), AGT(9),
AGC(11), UCU(11), UCC(8), UCA(11), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW351625.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(10), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MH687942.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(10), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(8), AUU(10), AUC(9), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(8), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(8), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(7), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(11), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(11), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: LC119077.1
Ferret coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 882
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(10), AUU(9), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(8), CGG(7), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(11),
AGC(11), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(11), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(10), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(10), UAU(8), UAC(10),
Link: KU569509.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 888
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(10), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MN655007.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 911
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW419300.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(11), AUU(10), AUC(10), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265849.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(10),
ATA(9), AUU(11), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KM189367.2
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
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ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KR265858.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(10),
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CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: LC364346.1
Quail coronavirus UAE-HKU30
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(11), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 875
UGU(9), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(8), AAG(8), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(11),
AAC(8), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(10), CGA(7), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(9),
ACC(10), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG366883.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU982968.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(11), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(11), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MT547180.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(10), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KP868572.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 885
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
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AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KT121573.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(11), GGC(10), GGA(10),
GGG(9), GGU(11), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
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CTC(10), CTA(10), CTG(11), TTA(9), TTG(11), CUU(9), CUC(10),
CUA(10), CUG(11), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
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GTG(12), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(12), TGG(12), UGG(12),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KY369912.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(9),
TTT(12), TTC(10), UUU(12), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
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CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(8), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(8), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(8),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(8), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MK472068.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(9), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 874
UGU(11), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(10),
TTT(9), TTC(9), UUU(9), UUC(9), GGT(10), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(8), AUU(9), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(8), CTA(8), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(8), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(7), CCU(9),
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AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(8), TCA(8), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(9), UCC(8), UCA(8), UCG(9), AGU(10), ACT(9),
ACC(8), ACA(11), ACG(10), ACU(9), GTT(11), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(11), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(11), UGG(11),
TAT(8), TAC(8), UAU(8), UAC(8),
Link: MG757598.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
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ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MF598710.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
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AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW924112.1
Alphacoronavirus HCQD-2020
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 898
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(10), AUU(10), AUC(7), AUA(10), AAA(10), AAG(7), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(10), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(12),
ACC(8), ACA(9), ACG(10), ACU(12), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(11), UAU(8), UAC(11),
Link: MH726370.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KM392230.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
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AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KU982972.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
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AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH006963.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(9), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
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GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
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AGC(9), UCU(11), UCC(11), UCA(8), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
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GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: JX195178.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(11), UGC(10), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
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AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KU851863.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
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CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MF598677.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT368831.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN758611.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
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AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KF663560.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(11), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
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GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KJ645706.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
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GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KP209310.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT806044.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
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TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ645690.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
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AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KY688119.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK462252.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ713297.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU242423.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 909
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(11), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH243316.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MK140814.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MZ325300.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: MN307884.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MG893511.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(8), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(8), UAU(10), UAC(8),
Link: KX400753.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MG366882.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KC210146.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(8), UAU(11), UAC(8),
Link: KR265783.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: NC_016995.1
Wigeon coronavirus HKU20
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(10), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(10), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(11), AUU(10), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(8),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(8), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: KR265842.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH454272.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265779.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KP662631.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(11), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(11), GAT(7), GAC(9), GAU(7), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(8), ATC(10),
ATA(9), AUU(8), AUC(10), AUA(9), AAA(8), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(11), TTA(8), TTG(12), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(11), UUA(8), UUG(12), ATG(8), AUG(8), AAT(7),
AAC(8), AAU(7), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(8), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(11), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(10), UCC(9), UCA(11), UCG(9), AGU(9), ACT(9),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(9), GTT(11), GTC(10), GTA(10),
GTG(10), GUU(11), GUC(10), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(12), TAC(10), UAU(12), UAC(10),
Link: MN509588.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(7),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
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ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: KJ588063.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(9), AAG(8), CTT(9),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(9), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(11), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(10), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(10), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(7), ACU(10), GTT(12), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(12), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MW792514.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(9), UUU(11), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
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CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KX302867.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
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CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
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AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
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ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: MF598660.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK032178.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 881
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(10), ATC(9),
ATA(11), AUU(10), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(9), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(9), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: NC_010800.1
Turkey coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(10),
ATA(12), AUU(10), AUC(10), AUA(12), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(7), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(10), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(10), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF769430.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
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ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT806053.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
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CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ645704.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: JX503061.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(11), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 883
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(12), TTC(10), UUU(12), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(8),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(8), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(10), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(10), UAU(8), UAC(10),
Link: NC_048213.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 888
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(11), AUU(10), AUC(10), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: JX840411.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KP641663.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(12), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(12),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KY674915.1
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(10), GCG(7), GCU(9), TGT(12), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(12), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(9), AUU(11), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(9),
CTC(7), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(9), CUC(7),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(9), CCC(5), CCA(9), CCG(7), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(7), CGG(6), AGA(7),
AGG(9), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(11),
AGC(9), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(11), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(11), GTC(12), GTA(10),
GTG(11), GUU(11), GUC(12), GUA(10), GUG(11), TGG(11), UGG(11),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG011354.2
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MT226606.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN692781.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MZ596343.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: NC_018871.1
Rousettus bat coronavirus HKU10
Codon (Counts):
GCT(8), GCC(8), GCA(9), GCG(9), GCU(8), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
ATA(8), AUU(11), AUC(9), AUA(8), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH726393.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(8), UAU(10), UAC(8),
Link: FN430414.1
Infectious bronchitis virus ITA/90254/2005
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 892
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(8), CTT(12),
CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(10), TTG(10), CUU(12), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(11), CCC(8), CCA(10), CCG(8), CCU(11),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(8), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(8), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(10), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
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