This is an appendix to: On The Origin of The Containment Entity - 2
Link: KR265807.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KX236003.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 877
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598599.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX252772.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(9), TTC(9), UUU(9), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(8), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(8), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT253326.1
Camel alphacoronavirus Camel229E
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(12), TTC(11), UUU(12), UUC(11), GGT(10), GGC(8), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(7),
ATA(9), AUU(11), AUC(7), AUA(9), AAA(11), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(9), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(6), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(7), AGA(7),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(9), GTT(11), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(11), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(11), UGG(11),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH052682.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH687947.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(8), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 868
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(7),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(8), CGT(9), CGC(7), CGA(9), CGG(8), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: LN610099.1
Guinea fowl coronavirus GfCoV/FR/2011
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 885
UGU(10), UGC(10), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(11), GGC(11), GGA(8),
GGG(10), GGU(11), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(10), AUU(9), AUC(8), AUA(10), AAA(9), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(8), AAU(9), CCT(11), CCC(9), CCA(10), CCG(8), CCU(11),
CAA(8), CAG(11), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(9), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(9),
ACC(10), ACA(9), ACG(9), ACU(9), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MW556742.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 888
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KM609209.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(9), AUU(11), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(10), UAU(8), UAC(10),
Link: LC063821.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KT368875.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 906
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ645636.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KT696544.1
Transmissible gastroenteritis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 885
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(10),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN759311.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG233398.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(8), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK462248.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK581206.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(12), AUU(9), AUC(9), AUA(12), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(10), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(10), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KX252785.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KU981059.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 868
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK005882.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 865
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(8), AAU(9), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MN486588.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK644603.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KR265784.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KP641661.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KT156560.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LR812931.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KT156561.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT368911.1
Camel alphacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 884
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(10), AUU(9), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(12),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(12), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(8), CCU(8),
CAA(9), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MH726400.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KX236004.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 881
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KX534206.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU215424.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 910
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(10), TCT(12), TCC(9), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(12), UCC(9), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: KR061458.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(10), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(7),
ATA(8), AUU(10), AUC(7), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KJ425493.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW854634.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 865
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KT877350.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 909
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ425489.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH532440.1
Quail deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(11), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(8), AUU(9), AUC(10), AUA(8), AAA(7), AAG(8), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(8), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(8), UUG(10), ATG(7), AUG(7), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(9), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(9), CAG(11), CGT(9), CGC(11), CGA(9), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(10), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KR265841.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MG334555.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 888
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(8), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH748550.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KY364365.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(8), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(8), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(7), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK581200.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 897
UGU(11), UGC(10), GAT(7), GAC(9), GAU(7), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(10),
ATA(8), AUU(9), AUC(10), AUA(8), AAA(8), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(8),
AAC(8), AAU(8), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(9), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(10), CGU(10), TCT(10), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(10), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(8),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(8), GTT(12), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(12), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MT820625.1
Lucheng Rn rat coronavirus
Codon (Counts):
GCT(8), GCC(8), GCA(9), GCG(8), GCU(8), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 885
UGU(9), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(10), GGC(8), GGA(10),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(11),
AAC(10), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(8), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MK581201.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(7), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(7), AGU(11), ACT(9),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(9), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: AF304460.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(8), AUU(9), AUC(10), AUA(8), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: KX108943.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 904
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(11), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(11), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN692782.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MF598719.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG912604.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF598721.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN692788.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX154689.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KF600644.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(9), UUU(11), UUC(9), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(12), CUU(12), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MH687961.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(7), GCU(10), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 894
UGU(11), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
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GGG(9), GGU(10), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(8), AUU(9), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(10), CTT(10),
CTC(10), CTA(8), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(8), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(9), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(9),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(11), GTC(9), GTA(9),
GTG(11), GUU(11), GUC(9), GUA(9), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(8), UAU(9), UAC(8),
Link: JQ408981.1
Feline infectious peritonitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG913343.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW436465.1
Anser fabalis coronavirus NCN2
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 896
UGU(10), UGC(11), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(8), GGA(10),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(10), CTA(8), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(10),
CUA(8), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(7), AUG(7), AAT(7),
AAC(10), AAU(7), CCT(11), CCC(8), CCA(9), CCG(10), CCU(11),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(9),
AGG(7), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(11), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(10), UCC(9), UCA(11), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(11), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(11), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(11), UAU(9), UAC(11),
Link: MW086539.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 901
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(10), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(10),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KC461235.1
Feline infectious peritonitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LC063827.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KX302870.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(8), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(8), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598597.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KP143507.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 908
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(12), GGC(10), GGA(9),
GGG(10), GGU(12), CAT(8), CAC(7), CAU(8), ATT(10), ATC(9),
ATA(8), AUU(10), AUC(9), AUA(8), AAA(9), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(10), CUU(9), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(10), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(11), CGC(9), CGA(8), CGG(10), AGA(9),
AGG(10), CGU(11), TCT(10), TCC(12), TCA(8), TCG(10), AGT(11),
AGC(8), UCU(10), UCC(12), UCA(8), UCG(10), AGU(11), ACT(9),
ACC(9), ACA(8), ACG(8), ACU(9), GTT(12), GTC(11), GTA(11),
GTG(9), GUU(12), GUC(11), GUA(11), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(8), UAU(9), UAC(8),
Link: MW222189.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MT576083.1
Transmissible gastroenteritis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(10),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KF793825.1
Bottlenose dolphin coronavirus HKU22
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(9), GCU(9), TGT(11), TGC(8),Total Codons: 899
UGU(11), UGC(8), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(10), GGU(10), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(7), AUG(7), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(10), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(10), AGT(9),
AGC(8), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(10), AGU(9), ACT(9),
ACC(10), ACA(10), ACG(8), ACU(9), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(11), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: MG021194.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(11), GCG(8), GCU(9), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 894
UGU(11), UGC(11), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(11), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(11), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(8),
AAC(9), AAU(8), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(10),
ACC(10), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(12), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(12), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK878536.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR610992.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KF186567.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MW351626.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(10), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KC461237.1
Feline infectious peritonitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KC189944.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU215420.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 910
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(10), TCT(12), TCC(9), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(12), UCC(9), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: KP209313.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH052688.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: DQ286389.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 886
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN199465.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 888
UGU(10), UGC(10), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(11), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(11), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(8), CTT(12),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(9), CUU(12), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(11), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(11),
CAA(9), CAG(11), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(10), CGU(8), TCT(9), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(9), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(10), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(10), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH726366.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ645659.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KT806045.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KP118884.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 876
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MH021175.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 881
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(7), AGT(10),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(7), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: MK994936.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KT368843.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MG596802.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(8), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(8), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(10), CCA(9), CCG(7), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(8), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(12), UCC(8), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU893873.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KU900742.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598627.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KC136209.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(10), CAU(8), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: JN825712.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH726385.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 898
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: FJ904715.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(11), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(12), AUU(10), AUC(8), AUA(12), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(7), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: JX088695.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(9), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MH306207.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ526096.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 895
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KU982971.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 888
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KY581694.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 909
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
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