Wednesday, January 19, 2022

It's In The GenBank

Attributes of the Image
Some readers may wonder where Dredd Blog gets the virus and microbe data featured in posts.

I download the 'sequences' from "The National Library of Medicine" databases in GBFF (GenBank) file format.

GBFF file format is comprehensive, yet each virus genome has a unique identifier: Version that identifies the changes in them.

A previous post displayed SARS-CoV-2 in that fashion but without the 'version' data included (On The Origin of Genieology - 4).

The following table (with numbers indicating the quantity of ACT&G  molecules per virus/gene) is an example of that same display (except the 'version' data is included):

SARS-CoV-2 Gene Analysis (by Country, 2020-2021)


Legend:

Columns:
Country = where virus was collected;
Version = NIH GenBank Identifier;
A,C,T, and G = column of molecule type;
gene = gene number a molecule type is in;
(example: gene = '1', A column = '6445'
there are 6,445 'A' molecules in gene 1.)

Changes:
The first virus, per country, has no molecular changes
marked, however, if the following viruses (collected later)
have changed, those count value changes are in bold
(because they do not match the original virus genome).



Country Version A C T G gene number
United States MT252714.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252718.1 6368 3717 6821 4210 1


1118 723 1269 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252720.1 6424 3741 6894 4230 1


1124 723 1271 703 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 27 65 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252722.1 6424 3741 6889 4228 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252724.1 6423 3741 6894 4230 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252727.1 6424 3741 6896 4228 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 27 65 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 314 266 280 10


35 21 42 18 11

MT252743.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252744.1 6423 3739 6896 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252750.1 6424 3741 6895 4229 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252752.1 6424 3741 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252753.1 6423 3743 6893 4230 1


1124 722 1272 703 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252754.1 6424 3742 6893 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


401 316 265 277 10


35 21 42 18 11

MT252755.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 145 214 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 20 43 18 11

MT252759.1 6423 3741 6894 4231 1


1122 723 1271 701 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252760.1 6423 3740 6895 4231 1


1125 723 1271 702 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 27 65 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252762.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


66 26 67 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252776.1 6423 3739 6896 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 67 25 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 266 279 10


35 21 42 18 11

MT252777.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 67 25 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 266 279 10


35 21 42 18 11

MT252786.1 6424 3741 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252789.1 6420 3739 6893 4230 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 314 266 280 10


35 21 42 18 11

MT252791.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252796.1 6424 3742 6892 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252812.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252813.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252814.1 6423 3741 6895 4230 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 27 65 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252815.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252816.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252817.1 6424 3740 6895 4230 1


1124 723 1271 703 2


225 174 276 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252818.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 67 25 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252819.1 6424 3741 6892 4229 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT252820.1 6424 3741 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT263438.1 6424 3742 6893 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 173 277 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT263454.1 6422 3740 6896 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


169 144 210 136 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT293163.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT308702.1 6424 3741 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT308703.1 6425 3742 6893 4229 1


1124 722 1272 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 147 212 139 5


67 26 66 26 6


107 78 119 61 7


30 24 60 17 8


100 66 133 66 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

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30 24 60 17 8


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399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322394.1 6423 3741 6894 4231 1


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399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322396.1 6423 3739 6896 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322397.1 6423 3740 6895 4231 1


1124 723 1271 703 2


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322398.1 6424 3739 6894 4228 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


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399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

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30 24 60 17 8


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35 21 42 18 11

MT322401.1 6424 3741 6894 4230 1


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322402.1 6424 3741 6894 4230 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322403.1 6422 3740 6890 4227 1


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48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322404.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322405.1 6424 3741 6894 4230 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322406.1 6424 3739 6896 4230 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322407.1 6423 3741 6894 4231 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322408.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322409.1 6423 3741 6894 4231 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322410.1 6424 3741 6894 4230 1


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67 26 66 26 6


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30 24 60 17 8


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35 21 42 18 11

MT322411.1 6423 3743 6892 4231 1


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30 24 60 17 8


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35 21 42 18 11

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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322413.1 6424 3741 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322414.1 6424 3740 6895 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


88 57 86 44 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322415.1 6424 3740 6895 4230 1


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67 26 66 26 6


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30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322416.1 6424 3740 6895 4230 1


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30 24 60 17 8


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399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322417.1 6424 3740 6895 4230 1


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322418.1 6424 3740 6895 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322419.1 6424 3740 6895 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


106 79 118 62 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

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1123 723 1271 704 2


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107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


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35 21 42 18 11

MT322421.1 6424 3742 6895 4228 1


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322422.1 6424 3742 6895 4228 1


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322423.1 6424 3742 6895 4228 1


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48 45 92 42 4


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67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT322424.1 6424 3740 6895 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT325571.1 6425 3742 6892 4230 1


1124 722 1272 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 147 212 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 66 133 66 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT325573.1 6425 3743 6891 4230 1


1124 722 1272 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 147 212 139 5


67 26 66 26 6


107 78 117 62 7


30 24 60 17 8


100 65 133 66 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT325574.1 6423 3740 6894 4229 1


1124 723 1271 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 65 133 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT326173.1 6421 3741 6893 4227 1


1123 722 1272 704 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT339043.1 6424 3740 6895 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


98 70 103 54 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 315 265 280 10


35 21 42 18 11

MT344946.1 6425 3742 6893 4229 1


1124 722 1272 703 2


224 174 276 153 3


48 45 92 42 4


170 146 213 139 5


67 26 66 26 6


107 79 118 61 7


30 24 60 17 8


100 64 134 67 9


399 314 266 280 10


35 21 42 18 11

MT344947.1 6424 3740 6894 4230 1


1123 723 1271 704 2


224 174 277 152 3


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