Monday, November 21, 2022

Quantum Biology - 18

We are all alike in genetic ways,
so why can't we all get along?
It is easy to see that homo sapiens, toxoplasma gondii, bacteria, E. coli, corona viruses, etc., all have the same unique codons and atoms in their DNA and RNA.

I have posted a video of Dr. Paul Falkowski who said:

"I just want to begin this by thinking about a bridge. In this particular case, it's an obvious bridge. And if you think about evolution, you know where we've come to, but you don't know where we began. So origins of life is one of the most challenging problems facing science. Actually, as my friend and colleague Nick Lane says, it's the black hole of science. It's an embarrassment. And it's a very complicated problem.  ... There's hydrogen ... carbon ... nitrogen ... oxygen ... phosphorus and sulfur ... elements make up life." -Dr. Paul Falkowski

(emphasis added; video link). It is also easy to see that where certain microbiologists don't want to admit that, they run to their mistress dolls and make things up:

“Teleology is like a mistress to the biologist; he dare not be seen with her in public but cannot live without her.” —J. B. S. Haldane

(Metaphor and Meaning in the Teleological Language of Biology). But I digress.

But, we can add that mistress to the unique codon club listed above.

Their virgin asexual mistress being added to the genome list (below) does not need them to reproduce as a virgin (The Virgin MOMCOM - 2).

Here are some analyses of Leiolepis to show how like them she it is:


Unique Leiolepis guttata Codons:

GCT,GCC,GCA,GCG,GCU,TGT,TGC,UGU,UGC,GAT,GAC,GAU,GAA,GAG,TTT,
TTC,UUU,UUC,GGT,GGC,GGA,GGG,GGU,CAT,CAC,CAU,ATT,ATC,ATA,AUU,
AUC,AUA,AAA,AAG,CTT,CTC,CTA,CTG,TTA,TTG,CUU,CUC,CUA,CUG,UUA,
UUG,ATG,AUG,AAT,AAC,AAU,CCT,CCC,CCA,CCG,CCU,CAA,CAG,CGT,CGC,
CGA,CGG,AGA,AGG,CGU,TCT,TCC,TCA,TCG,AGT,AGC,UCU,UCC,UCA,UCG,
AGU,ACT,ACC,ACA,ACG,ACU,GTT,GTC,GTA,GTG,GUU,GUC,GUA,GUG,TGG,
UGG,TAT,TAC,UAU,UAC

Unique Leiolepis guttata Amino acids:
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
Unique Leiolepis boehmei Codons:
GCT,GCC,GCA,GCG,GCU,TGT,TGC,UGU,UGC,GAT,GAC,GAU,GAA,GAG,TTT,
TTC,UUU,UUC,GGT,GGC,GGA,GGG,GGU,CAT,CAC,CAU,ATT,ATC,ATA,AUU,
AUC,AUA,AAA,AAG,CTT,CTC,CTA,CTG,TTA,TTG,CUU,CUC,CUA,CUG,UUA,
UUG,ATG,AUG,AAT,AAC,AAU,CCT,CCC,CCA,CCG,CCU,CAA,CAG,CGT,CGC,
CGA,CGG,AGA,AGG,CGU,TCT,TCC,TCA,TCG,AGT,AGC,UCU,UCC,UCA,UCG,
AGU,ACT,ACC,ACA,ACG,ACU,GTT,GTC,GTA,GTG,GUU,GUC,GUA,GUG,TGG,
UGG,TAT,TAC,UAU,UAC

Unique Leiolepis boehmei Amino acids:
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
Unique Leiolepis reevesii Codons:
GCT,GCC,GCA,GCG,GCU,TGT,TGC,UGU,UGC,GAT,GAC,GAU,GAA,GAG,TTT,
TTC,UUU,UUC,GGT,GGC,GGA,GGG,GGU,CAT,CAC,CAU,ATT,ATC,ATA,AUU,
AUC,AUA,AAA,AAG,CTT,CTC,CTA,CTG,TTA,TTG,CUU,CUC,CUA,CUG,UUA,
UUG,ATG,AUG,AAT,AAC,AAU,CCT,CCC,CCA,CCG,CCU,CAA,CAG,CGT,CGC,
CGA,CGG,AGA,AGG,CGU,TCT,TCC,TCA,TCG,AGT,AGC,UCU,UCC,UCA,UCG,
AGU,ACT,ACC,ACA,ACG,ACU,GTT,GTC,GTA,GTG,GUU,GUC,GUA,GUG,TGG,
UGG,TAT,TAC,UAU,UAC

Unique Leiolepis reevesii Amino acids:
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
Unique Leiolepis belliana Codons:
GCT,GCC,GCA,GCG,GCU,TGT,TGC,UGU,UGC,GAT,GAC,GAU,GAA,GAG,TTT,
TTC,UUU,UUC,GGT,GGC,GGA,GGG,GGU,CAT,CAC,CAU,ATT,ATC,ATA,AUU,
AUC,AUA,AAA,AAG,CTT,CTC,CTA,CTG,TTA,TTG,CUU,CUC,CUA,CUG,UUA,
UUG,ATG,AUG,AAT,AAC,AAU,CCT,CCC,CCA,CCG,CCU,CAA,CAG,CGT,CGC,
CGA,CGG,AGA,AGG,CGU,TCT,TCC,TCA,TCG,AGT,AGC,UCU,UCC,UCA,UCG,
AGU,ACT,ACC,ACA,ACG,ACU,GTT,GTC,GTA,GTG,GUU,GUC,GUA,GUG,TGG,
UGG,TAT,TAC,UAU,UAC

Unique Leiolepis belliana Amino acids:
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY

And remember the small things, the atoms:

Unique Amino Acids
in the Proteins
made by Ribosomes
(underlined formulas
show codon atom totals):

Amino
Acid
Formula
& Name
DNA Codon
& Formulas
RNA Codon
& Formulas
ALA
(A)
C3H7N1O2
Alanine
GCT:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H16N10O4
GCC:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
GCA:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O2
GCG:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
GCU:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C13H14N10O4
GCC:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
GCA:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O2
GCG:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
CYS
(C)
C3H7N1O2S1
Cysteine
TGT:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H17N9O5
TGC:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H16N10O4
UGU:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C13H13N9O5
UGC:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H14N10O4
ASP
(D)
C4H7N1O4
Aspartic acid
GAT:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H16N12O3
GAC:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O2
GAU:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H4N2O2
C14H14N12O3
GAC:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O2
GLU
(E)
C5H9N1O4
Glutamic acid
GAA:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15O1
GAG:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O2
GAA:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15O1
GAG:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O2
PHE
(F)
C9H11N1O2
Phenylalanine
TTT:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H18N6O6
TTC:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H17N7O5
UUU:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C12H12N6O6
UUC:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C12H13N7O5
GLY
(G)
C2H5N1O2
Glycine
GGT:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H16N12O4
GGC:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O3
GGA:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O2
GGG:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O3
GGU:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C14H14N12O4
GGC:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O3
GGA:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O2
GGG:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O3
HIS
(H)
C6H9N3O2
Histidine
CAT:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H6N2O2
C14H16N10O3
CAC:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H15N11O2
CAU:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H4N2O2
C13H14N10O3
CAC:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ILE
(I)
C6H13N1O2
Isoleucine
ATT:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H17N9O4
ATC:
C5H5N5
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H16N10O3
ATA:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H16N12O2
AUU:
C5H5N5
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C13H13N9O4
AUC:
C5H5N5
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C13H14N10O3
AUA:
C5H5N5
C4H4N2O2
C5H5N5
C14H14N12O2
LYS
(K)
C6H14N2O2
Lysine
AAA:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15
AAG:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O1
AAA:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15
AAG:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O1
LEU
(L)
C6H13N1O2
Leucine
CTT:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C14H17N7O5
CTC:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C13H16N8O4
CTA:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H5N5
C14H16N10O3
CTG:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C14H16N10O4
TTA:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H17N9O4
TTG:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H17N9O5
CUU:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C12H13N7O5
CUC:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C12H14N8O4
CUA:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C5H5N5
C13H14N10O3
CUG:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C13H14N10O4
UUA:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C5H5N5
C13H13N9O4
UUG:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C13H13N9O5
MET
(M)
C5H11N1O2S1
Methionine
ATG:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H16N12O3
AUG:
C5H5N5
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C14H14N12O3
ASN
(N)
C4H8N2O3
Asparagine
AAT:
C5H5N5
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H16N12O2
AAC:
C5H5N5
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O1
AAU:
C5H5N5
C5H5N5
C4H4N2O2
C14H14N12O2
AAC:
C5H5N5
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O1
PRO
(P)
C5H9N1O2
Proline
CCT:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C13H16N8O4
CCC:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H15N9O3
CCA:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H15N11O2
CCG:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H15N11O3
CCU:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C12H14N8O4
CCC:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H15N9O3
CCA:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H15N11O2
CCG:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H15N11O3
GLN
(Q)
C5H10N2O3
Glutamine
CAA:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5
C14H15N13O1
CAG:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C14H15N13O2
CAA:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5
C14H15N13O1
CAG:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C14H15N13O2
ARG
(R)
C6H14N4O2
Arginine
CGT:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C14H16N10O4
CGC:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
CGA:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C14H15N13O2
CGG:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
AGA:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O1
AGG:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O2
CGU:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C13H14N10O4
CGC:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
CGA:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C14H15N13O2
CGG:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
AGA:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O1
AGG:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O2
SER
(S)
C3H7N1O3
Serine
TCT:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H17N7O5
TCC:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H16N8O4
TCA:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H16N10O3
TCG:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H16N10O4
AGT:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H16N12O3
AGC:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O2
UCU:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C12H13N7O5
UCC:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H14N8O4
UCA:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H14N10O3
UCG:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H14N10O4
AGU:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C14H14N12O3
AGC:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O2
THR
(T)
C4H9N1O3
Threonine
ACT:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H16N10O3
ACC:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ACA:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O1
ACG:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O2
ACU:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C13H14N10O3
ACC:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ACA:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O1
ACG:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O2
VAL
(V)
C5H11N1O2
Valine
GTT:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H17N9O5
GTC:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H16N10O4
GTA:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H16N12O3
GTG:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H16N12O4
GUU:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C13H13N9O5
GUC:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C13H14N10O4
GUA:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C5H5N5
C14H14N12O3
GUG:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C14H14N12O4
TRP
(W)
C11H12N2O2
Tryptophan
TGG:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H16N12O4
UGG:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H14N12O4
TYR
(Y)
C9H11N1O3
Tyrosine
TAT:
C5H6N2O2
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H17N9O4
TAC:
C5H6N2O2
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H16N10O3
UAU:
C4H4N2O2
C5H5N5
C4H4N2O2
C13H13N9O4
UAC:
C4H4N2O2
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H14N10O3


Unique Molecules in the Protein:
("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")

(C3H7N1O2 ~ C3H7N1O2S1 ~ C4H7N1O4 ~ C5H9N1O4 ~
C9H11N1O2 ~ C2H5N1O2 ~ C6H9N3O2 ~ C6H13N1O2 ~
C6H14N2O2 ~ C6H13N1O2 ~ C5H11N1O2S1 ~ C4H8N2O3 ~
C5H9N1O2 ~ C5H10N2O3 ~ C6H14N4O2 ~ C3H7N1O3 ~
C4H9N1O3 ~ C5H11N1O2 ~ C11H12N2O2 ~ C9H11N1O3)

A good part of the remainder of the continuing story is in these links: Quantum Biology - 17, Small Brains Considered - 13, Quantum Biology - 15, Quantum Biology - 5.

The previous post in this series is here.

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