Fig. 1 Dr. Paul Falkowski |
I have posted a video of Dr. Paul Falkowski who said:
"I just want to begin this by thinking about a bridge. In this particular case, it's an obvious bridge. And if you think about evolution, you know where we've come to, but you don't know where we began. So origins of life is one of the most challenging problems facing science. Actually, as my friend and colleague Nick Lane says, it's the black hole of science. It's an embarrassment. And it's a very complicated problem. ... There's hydrogen ... carbon ... nitrogen ... oxygen ... phosphorus and sulfur ... elements make up life." -Dr. Paul Falkowski
(emphasis added; See Fig 1).
II. The Elements In Genomes
In recent Dredd Blog posts the DNA/RNA of humans, Toxoplasma gondii, E. coli, corona viruses, and bacteria have been shown to be composed of the same unique Amino acids ("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"), proteins, molecules, and atoms (see e.g. Small Brains Considered - 13, Quantum Biology - 15, Quantum Biology - 5).
Those genetic components vary in quantity, not quality eh?
The elements that Dr. Paul Falkowski mentions are the predominant atoms that make up the molecules of DNA, RNA, amino acids, and proteins studied daily by geneticists.
The following HTML table is made from thousands of genomes from GenBank, as I have previously pointed out:
Amino Acid | Formula & Name | DNA Codon & Formulas | RNA Codon & Formulas |
ALA (A) | C3H7N1O2 Alanine | GCT: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C5H6N2O2 C14H16N10O4 GCC: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C13H15N11O3 GCA: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C5H5N5 C14H15N13O2 GCG: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C14H15N13O3 | GCU: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C4H4N2O2 C13H14N10O4 GCC: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C13H15N11O3 GCA: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C5H5N5 C14H15N13O2 GCG: C5H5N5O1 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C14H15N13O3 |
CYS (C) | C3H7N1O2S1 Cysteine | TGT: C5H6N2O2 C5H5N5O1 C5H6N2O2 C15H17N9O5 TGC: C5H6N2O2 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C14H16N10O4 | UGU: C4H4N2O2 C5H5N5O1 C4H4N2O2 C13H13N9O5 UGC: C4H4N2O2 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C13H14N10O4 |
ASP (D) | C4H7N1O4 Aspartic acid | GAT: C5H5N5O1 C5H5N5 C5H6N2O2 C15H16N12O3 GAC: C5H5N5O1 C5H5N5 C4H5N3O1 C14H15N13O2 | GAU: C5H5N5O1 C5H5N5 C4H4N2O2 C14H14N12O3 GAC: C5H5N5O1 C5H5N5 C4H5N3O1 C14H15N13O2 |
GLU (E) | C5H9N1O4 Glutamic acid | GAA: C5H5N5O1 C5H5N5 C5H5N5 C15H15N15O1 GAG: C5H5N5O1 C5H5N5 C5H5N5O1 C15H15N15O2 | GAA: C5H5N5O1 C5H5N5 C5H5N5 C15H15N15O1 GAG: C5H5N5O1 C5H5N5 C5H5N5O1 C15H15N15O2 |
PHE (F) | C9H11N1O2 Phenylalanine | TTT: C5H6N2O2 C5H6N2O2 C5H6N2O2 C15H18N6O6 TTC: C5H6N2O2 C5H6N2O2 C4H5N3O1 C14H17N7O5 | UUU: C4H4N2O2 C4H4N2O2 C4H4N2O2 C12H12N6O6 UUC: C4H4N2O2 C4H4N2O2 C4H5N3O1 C12H13N7O5 |
GLY (G) | C2H5N1O2 Glycine | GGT: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C5H6N2O2 C15H16N12O4 GGC: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C14H15N13O3 GGA: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C5H5N5 C15H15N15O2 GGG: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C15H15N15O3 | GGU: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C4H4N2O2 C14H14N12O4 GGC: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C14H15N13O3 GGA: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C5H5N5 C15H15N15O2 GGG: C5H5N5O1 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C15H15N15O3 |
HIS (H) | C6H9N3O2 Histidine | CAT: C4H5N3O1 C5H5N5 C5H6N2O2 C14H16N10O3 CAC: C4H5N3O1 C5H5N5 C4H5N3O1 C13H15N11O2 | CAU: C4H5N3O1 C5H5N5 C4H4N2O2 C13H14N10O3 CAC: C4H5N3O1 C5H5N5 C4H5N3O1 C13H15N11O2 |
ILE (I) | C6H13N1O2 Isoleucine | ATT: C5H5N5 C5H6N2O2 C5H6N2O2 C15H17N9O4 ATC: C5H5N5 C5H6N2O2 C4H5N3O1 C14H16N10O3 ATA: C5H5N5 C5H6N2O2 C5H5N5 C15H16N12O2 | AUU: C5H5N5 C4H4N2O2 C4H4N2O2 C13H13N9O4 AUC: C5H5N5 C4H4N2O2 C4H5N3O1 C13H14N10O3 AUA: C5H5N5 C4H4N2O2 C5H5N5 C14H14N12O2 |
LYS (K) | C6H14N2O2 Lysine | AAA: C5H5N5 C5H5N5 C5H5N5 C15H15N15 AAG: C5H5N5 C5H5N5 C5H5N5O1 C15H15N15O1 | AAA: C5H5N5 C5H5N5 C5H5N5 C15H15N15 AAG: C5H5N5 C5H5N5 C5H5N5O1 C15H15N15O1 |
LEU (L) | C6H13N1O2 Leucine | CTT: C4H5N3O1 C5H6N2O2 C5H6N2O2 C14H17N7O5 CTC: C4H5N3O1 C5H6N2O2 C4H5N3O1 C13H16N8O4 CTA: C4H5N3O1 C5H6N2O2 C5H5N5 C14H16N10O3 CTG: C4H5N3O1 C5H6N2O2 C5H5N5O1 C14H16N10O4 TTA: C5H6N2O2 C5H6N2O2 C5H5N5 C15H17N9O4 TTG: C5H6N2O2 C5H6N2O2 C5H5N5O1 C15H17N9O5 | CUU: C4H5N3O1 C4H4N2O2 C4H4N2O2 C12H13N7O5 CUC: C4H5N3O1 C4H4N2O2 C4H5N3O1 C12H14N8O4 CUA: C4H5N3O1 C4H4N2O2 C5H5N5 C13H14N10O3 CUG: C4H5N3O1 C4H4N2O2 C5H5N5O1 C13H14N10O4 UUA: C4H4N2O2 C4H4N2O2 C5H5N5 C13H13N9O4 UUG: C4H4N2O2 C4H4N2O2 C5H5N5O1 C13H13N9O5 |
MET (M) | C5H11N1O2S1 Methionine | ATG: C5H5N5 C5H6N2O2 C5H5N5O1 C15H16N12O3 | AUG: C5H5N5 C4H4N2O2 C5H5N5O1 C14H14N12O3 |
ASN (N) | C4H8N2O3 Asparagine | AAT: C5H5N5 C5H5N5 C5H6N2O2 C15H16N12O2 AAC: C5H5N5 C5H5N5 C4H5N3O1 C14H15N13O1 | AAU: C5H5N5 C5H5N5 C4H4N2O2 C14H14N12O2 AAC: C5H5N5 C5H5N5 C4H5N3O1 C14H15N13O1 |
PRO (P) | C5H9N1O2 Proline | CCT: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C5H6N2O2 C13H16N8O4 CCC: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C12H15N9O3 CCA: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C5H5N5 C13H15N11O2 CCG: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C13H15N11O3 | CCU: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C4H4N2O2 C12H14N8O4 CCC: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C12H15N9O3 CCA: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C5H5N5 C13H15N11O2 CCG: C4H5N3O1 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C13H15N11O3 |
GLN (Q) | C5H10N2O3 Glutamine | CAA: C4H5N3O1 C5H5N5 C5H5N5 C14H15N13O1 CAG: C4H5N3O1 C5H5N5 C5H5N5O1 C14H15N13O2 | CAA: C4H5N3O1 C5H5N5 C5H5N5 C14H15N13O1 CAG: C4H5N3O1 C5H5N5 C5H5N5O1 C14H15N13O2 |
ARG (R) | C6H14N4O2 Arginine | CGT: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C5H6N2O2 C14H16N10O4 CGC: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C13H15N11O3 CGA: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C5H5N5 C14H15N13O2 CGG: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C14H15N13O3 AGA: C5H5N5 C5H5N5O1 C5H5N5 C15H15N15O1 AGG: C5H5N5 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C15H15N15O2 | CGU: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C4H4N2O2 C13H14N10O4 CGC: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C13H15N11O3 CGA: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C5H5N5 C14H15N13O2 CGG: C4H5N3O1 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C14H15N13O3 AGA: C5H5N5 C5H5N5O1 C5H5N5 C15H15N15O1 AGG: C5H5N5 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C15H15N15O2 |
SER (S) | C3H7N1O3 Serine | TCT: C5H6N2O2 C4H5N3O1 C5H6N2O2 C14H17N7O5 TCC: C5H6N2O2 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C13H16N8O4 TCA: C5H6N2O2 C4H5N3O1 C5H5N5 C14H16N10O3 TCG: C5H6N2O2 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C14H16N10O4 AGT: C5H5N5 C5H5N5O1 C5H6N2O2 C15H16N12O3 AGC: C5H5N5 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C14H15N13O2 | UCU: C4H4N2O2 C4H5N3O1 C4H4N2O2 C12H13N7O5 UCC: C4H4N2O2 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C12H14N8O4 UCA: C4H4N2O2 C4H5N3O1 C5H5N5 C13H14N10O3 UCG: C4H4N2O2 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C13H14N10O4 AGU: C5H5N5 C5H5N5O1 C4H4N2O2 C14H14N12O3 AGC: C5H5N5 C5H5N5O1 C4H5N3O1 C14H15N13O2 |
THR (T) | C4H9N1O3 Threonine | ACT: C5H5N5 C4H5N3O1 C5H6N2O2 C14H16N10O3 ACC: C5H5N5 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C13H15N11O2 ACA: C5H5N5 C4H5N3O1 C5H5N5 C14H15N13O1 ACG: C5H5N5 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C14H15N13O2 | ACU: C5H5N5 C4H5N3O1 C4H4N2O2 C13H14N10O3 ACC: C5H5N5 C4H5N3O1 C4H5N3O1 C13H15N11O2 ACA: C5H5N5 C4H5N3O1 C5H5N5 C14H15N13O1 ACG: C5H5N5 C4H5N3O1 C5H5N5O1 C14H15N13O2 |
VAL (V) | C5H11N1O2 Valine | GTT: C5H5N5O1 C5H6N2O2 C5H6N2O2 C15H17N9O5 GTC: C5H5N5O1 C5H6N2O2 C4H5N3O1 C14H16N10O4 GTA: C5H5N5O1 C5H6N2O2 C5H5N5 C15H16N12O3 GTG: C5H5N5O1 C5H6N2O2 C5H5N5O1 C15H16N12O4 | GUU: C5H5N5O1 C4H4N2O2 C4H4N2O2 C13H13N9O5 GUC: C5H5N5O1 C4H4N2O2 C4H5N3O1 C13H14N10O4 GUA: C5H5N5O1 C4H4N2O2 C5H5N5 C14H14N12O3 GUG: C5H5N5O1 C4H4N2O2 C5H5N5O1 C14H14N12O4 |
TRP (W) | C11H12N2O2 Tryptophan | TGG: C5H6N2O2 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C15H16N12O4 | UGG: C4H4N2O2 C5H5N5O1 C5H5N5O1 C14H14N12O4 |
TYR (Y) | C9H11N1O3 Tyrosine | TAT: C5H6N2O2 C5H5N5 C5H6N2O2 C15H17N9O4 TAC: C5H6N2O2 C5H5N5 C4H5N3O1 C14H16N10O3 | UAU: C4H4N2O2 C5H5N5 C4H4N2O2 C13H13N9O4 UAC: C4H4N2O2 C5H5N5 C4H5N3O1 C13H14N10O3 |
Unique Molecules in the Protein:
("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
(C3H7N1O2 ~ C3H7N1O2S1 ~ C4H7N1O4 ~ C5H9N1O4 ~
C9H11N1O2 ~ C2H5N1O2 ~ C6H9N3O2 ~ C6H13N1O2 ~
C6H14N2O2 ~ C6H13N1O2 ~ C5H11N1O2S1 ~ C4H8N2O3 ~
C5H9N1O2 ~ C5H10N2O3 ~ C6H14N4O2 ~ C3H7N1O3 ~
C4H9N1O3 ~ C5H11N1O2 ~ C11H12N2O2 ~ C9H11N1O3)
III. Why So Much Sameness In So Much Difference?
One very useful explanation is presented by Dr. Bonnie Bassler in the following video presentation:
Microbes |
Video Index (time - subject)
00:21 - microbes are oldest life forms on Earth
01:03 - 10 times more microbes than human cells in us
01:31 - 100 times more microbial genes than human genes in us
02:00 - microbes are 99% of our make-up; they keep us alive
02:20 - microbes are vital for keeping us alive and healthy
04:20 - microbes talk with a molecular language
07:50 - quorum sensing (like a census) to know population count
08:20 - Intra species communication (shape of words) dialects
10:50 - microbes communicate with other microbes (multi-lingual)
11:20 - they take a census of all other microbes around them
12:30 - synthetic molecules-words interrupt communication
13:50 - synthetic molecules-words confuse the microbes
15:00 - they have collective, community behaviors
15:20 - microbes made the rules for multi-cellular development
16:00 - microbes invented multi-cellular behavior inside us
17:15 - the team
Dr. Bonnie L. Bassler, Princeton University:
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