This is an appendix to: On The Origin of The Containment Entity - 2
Link: MZ367367.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(11), AUU(10), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: MF598711.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR153325.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 893
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MH687966.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 908
UGU(11), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(11), AAG(10), CTT(11),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(9), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(10), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(10), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MN692789.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 888
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(8), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KF600613.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(9), UUU(11), UUC(9), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(10), AUU(10), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(12), CUU(12), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KY933089.1
Avian coronavirus (ACoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(9), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 894
UGU(11), UGC(11), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(11), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(11), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(10), AUU(9), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(10),
ACC(10), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(11), GTC(9), GTA(9),
GTG(12), GUU(11), GUC(9), GUA(9), GUG(12), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: LC063830.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KT199103.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KX900405.1
Transmissible gastroenteritis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(10),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX364300.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KY369914.1
Human coronavirus 229E
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(7), CTA(11), CTG(8), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(7),
CUA(11), CUG(8), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(9), CCC(6), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(11),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(11), UAU(10), UAC(11),
Link: MH687939.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(7), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(10), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(10), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(10), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KP780179.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(11), GCG(8), GCU(9), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 895
UGU(11), UGC(11), GAT(8), GAC(8), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(11), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(11), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(9), ATC(9),
ATA(9), AUU(9), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(8),
AAC(9), AAU(8), CCT(10), CCC(8), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(9), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(10), ACA(9), ACG(8), ACU(9), GTT(11), GTC(9), GTA(9),
GTG(12), GUU(11), GUC(9), GUA(9), GUG(12), TGG(11), UGG(11),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MH687934.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 903
UGU(11), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(8), AUU(10), AUC(7), AUA(8), AAA(11), AAG(10), CTT(11),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(8), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(9), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(10), AGT(10),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(10), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MG334554.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: DQ010921.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 893
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(12), TTC(9), UUU(12), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(9), ATC(8),
ATA(9), AUU(9), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KU893872.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MF373643.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
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AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: AY514485.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(10),
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ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: JX869059.2
Human betacoronavirus 2c EMC/2012
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KP143510.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(10), GCA(8), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 908
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(12), GGC(10), GGA(9),
GGG(10), GGU(12), CAT(8), CAC(7), CAU(8), ATT(10), ATC(9),
ATA(8), AUU(10), AUC(9), AUA(8), AAA(9), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(9), CTG(11), TTA(10), TTG(10), CUU(9), CUC(9),
CUA(9), CUG(11), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(10), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(11), CGC(9), CGA(8), CGG(10), AGA(9),
AGG(10), CGU(11), TCT(10), TCC(12), TCA(8), TCG(10), AGT(11),
AGC(8), UCU(10), UCC(12), UCA(8), UCG(10), AGU(11), ACT(9),
ACC(9), ACA(8), ACG(8), ACU(9), GTT(12), GTC(11), GTA(11),
GTG(9), GUU(12), GUC(11), GUA(11), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(8), UAU(9), UAC(8),
Link: MW591993.2
Canine coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(8), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(10),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(10), AUU(10), AUC(10), AUA(10), AAA(10), AAG(11), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(10),
AGG(10), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(9), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(8), UAU(10), UAC(8),
Link: MZ325484.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KX236007.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 885
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MZ803010.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 891
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MN971596.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MT591566.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(11), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 876
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(9),
TTT(9), TTC(10), UUU(9), UUC(10), GGT(11), GGC(9), GGA(9),
GGG(10), GGU(11), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(8), ATC(8),
ATA(9), AUU(8), AUC(8), AUA(9), AAA(9), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(8), TTG(9), CUU(9), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(8), UUG(9), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(9), CCA(9), CCG(6), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(10), TCC(8), TCA(10), TCG(8), AGT(10),
AGC(11), UCU(10), UCC(8), UCA(10), UCG(8), AGU(10), ACT(8),
ACC(9), ACA(9), ACG(10), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(11),
GTG(11), GUU(10), GUC(9), GUA(11), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: JX195176.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MH726399.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ645662.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KX154691.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
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ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KR265785.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
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CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KR265851.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(10),
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CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
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AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KR265802.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
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CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: FJ807652.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
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GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ645664.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
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GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MH687952.1
Alphacoronavirus sp.
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(11), TGT(11), TGC(11),Total Codons: 888
UGU(11), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
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GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(7),
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GTG(11), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KM027257.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
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GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
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CTC(10), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(12), CUU(12), CUC(10),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
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GTG(10), GUU(11), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KX219799.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
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ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
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AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598635.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
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AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: LC063814.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
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GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KJ645686.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MK211372.1
Coronavirus BtSk-AlphaCoV/GX2018D
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(6), GCU(9), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 897
UGU(11), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(7),
ATA(8), AUU(10), AUC(7), AUA(8), AAA(11), AAG(10), CTT(11),
CTC(11), CTA(11), CTG(9), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(11), CUG(9), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(8), CCG(9), CCU(10),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(10), CGG(7), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(10), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KX275390.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF769419.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KY620116.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 887
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(8), CAC(10), CAU(8), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF769431.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF769416.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN611518.1
Miniopterus pusillus bat coronavirus HKU8-related
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(10), GCU(9), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 911
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(10), GGC(9), GGA(8),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(11),
ATA(10), AUU(9), AUC(11), AUA(10), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(8), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(10), CGG(10), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(8), ACG(10), ACU(11), GTT(11), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(11), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KR011264.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KY073744.1
NL63-related bat coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(9), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(7), GAU(8), GAA(10), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(10), GGC(9), GGA(8),
GGG(7), GGU(10), CAT(8), CAC(9), CAU(8), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(11), AAG(9), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(7), CCA(10), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(10), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(7),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(8), TCA(9), TCG(9), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(9), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(9), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: LC063836.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(10), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 896
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(10), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(9), TCC(11), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(11), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MG812378.1
Sparrow deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(9),Total Codons: 869
UGU(9), UGC(9), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(7),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(8), AAG(8), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(11),
AAC(8), AAU(11), CCT(10), CCC(9), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(9), CGC(10), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(10), AGT(9),
AGC(9), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(10), AGU(9), ACT(8),
ACC(10), ACA(8), ACG(8), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(7),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(7), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: AY518894.1
Human group 1 coronavirus associated with pneumonia
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(7), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 867
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(8),
ATA(10), AUU(11), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(9), CCC(5), CCA(8), CCG(7), CCU(9),
CAA(9), CAG(8), CGT(8), CGC(7), CGA(7), CGG(6), AGA(10),
AGG(8), CGU(8), TCT(11), TCC(8), TCA(10), TCG(7), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(10), UCG(7), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: KX259254.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 883
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KX434789.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(9), TCA(8), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(8), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KX348115.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(12), AUU(11), AUC(9), AUA(12), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: NC_016996.1
Common moorhen coronavirus HKU21
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(10), AUU(10), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(9), TTG(11), CUU(10), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(9), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(8), CGA(6), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(9), ACT(9),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(9), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265860.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(10),
ATA(9), AUU(11), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ435284.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KM210277.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(11),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(11), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(12), TTC(9), UUU(12), UUC(9), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(10), AUU(11), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK071620.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 897
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(10), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
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CUA(12), CUG(10), UUA(9), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MG757596.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
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GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: GU393336.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(9), UGC(10), GAT(11), GAC(9), GAU(11), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(11), AUU(9), AUC(10), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
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AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(7), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(7), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598631.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
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CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265795.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
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AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KU847996.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
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CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
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CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: MF769432.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX900401.1
Transmissible gastroenteritis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(8), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 889
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(10),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(8), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(10),
ATA(9), AUU(10), AUC(10), AUA(9), AAA(10), AAG(11), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(8), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(7), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(9), GUA(10), GUG(11), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265850.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(10), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 880
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
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ATA(9), AUU(11), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(10), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(11),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: NC_038294.1
Betacoronavirus England 1
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 911
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
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AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KR265865.1
Porcine deltacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(8), GCG(9), GCU(11), TGT(8), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(8), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(10),
ATA(9), AUU(11), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(10),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(10), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(7), AUG(7), AAT(10),
AAC(8), AAU(10), CCT(10), CCC(10), CCA(10), CCG(9), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
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AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(11), ACT(8),
ACC(10), ACA(9), ACG(7), ACU(8), GTT(10), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MK329221.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(11),Total Codons: 884
UGU(9), UGC(11), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KT368894.1
Camel alphacoronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 884
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(10), GAG(9),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(9), ATC(9),
ATA(10), AUU(9), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(12),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(12), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
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ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(11), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MN512438.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 879
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(11), CAC(9), CAU(11), ATT(9), ATC(9),
ATA(11), AUU(9), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(8), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(8),
AGG(9), CGU(8), TCT(8), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(8), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KJ156874.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 903
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(12), TTC(9), UUU(12), UUC(9), GGT(10), GGC(10), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(10), CAC(10), CAU(10), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(12), TTG(11), CUU(11), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(12), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(9), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(8),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(8), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(8), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(10), GTC(9), GTA(10),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(10), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MH726395.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KJ473809.1
BtNv-AlphaCoV/SC2013
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(12), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(12), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(10), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(10), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(9), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(9), CUC(9),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(8), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(7), AGA(7),
AGG(9), CGU(10), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(8), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(9),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(9), GTT(11), GTC(10), GTA(9),
GTG(12), GUU(11), GUC(10), GUA(9), GUG(12), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: MG923476.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(11), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(11), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 907
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(12), CUU(12), CUC(11),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(12), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(11), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KF961221.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 899
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(9), TTA(10), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(9), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(9), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MN548289.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 894
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(10), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(10), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(9), ATC(8),
ATA(11), AUU(9), AUC(8), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(9),
AAC(10), AAU(9), CCT(10), CCC(9), CCA(10), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(10), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(9), TCT(8), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(10), UCU(8), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(10), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KY566211.1
Feline coronavirus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(11), TGC(9),Total Codons: 899
UGU(11), UGC(9), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(10), GAG(9),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(10), ATC(8),
ATA(9), AUU(10), AUC(8), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(9),
CTC(10), CTA(11), CTG(8), TTA(10), TTG(10), CUU(9), CUC(10),
CUA(11), CUG(8), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(11), AAU(9), CCT(9), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(9), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(9), AGT(11),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(9), AGU(11), ACT(11),
ACC(9), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(10),
GTG(11), GUU(9), GUC(10), GUA(10), GUG(11), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(8), UAU(10), UAC(8),
Link: JX504050.1
Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(8), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 866
UGU(10), UGC(9), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(11), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(8),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(8),
ATA(10), AUU(11), AUC(8), AUA(10), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(8), CTA(11), CTG(9), TTA(11), TTG(10), CUU(11), CUC(8),
CUA(11), CUG(9), UUA(11), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(8), CCC(6), CCA(8), CCG(7), CCU(8),
CAA(9), CAG(8), CGT(8), CGC(7), CGA(7), CGG(6), AGA(10),
AGG(8), CGU(8), TCT(11), TCC(8), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(8), UCU(11), UCC(8), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(8), ACG(8), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(9), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(9), UAU(11), UAC(9),
Link: MF598641.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MT090146.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 898
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(8), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(12), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(12), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(8), CCU(9),
CAA(10), CAG(9), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(12), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(12), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KT368840.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KX302872.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 889
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(10), CUU(10), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(11),
AAC(9), AAU(11), CCT(10), CCC(8), CCA(10), CCG(7), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KR265827.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(11), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(11), UGC(10), GAT(8), GAC(9), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(10),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(11), ATC(8),
ATA(8), AUU(11), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(11),
CTC(11), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(11), CUC(11),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(11), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(8),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(11), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(11), GUA(9), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KF460437.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 884
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(9), GAU(9), GAA(8), GAG(8),
TTT(10), TTC(8), UUU(10), UUC(8), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(9), CAU(10), ATT(10), ATC(10),
ATA(11), AUU(10), AUC(10), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(11),
CTC(9), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(9),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(9), TCC(9), TCA(10), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(9), UCC(9), UCA(10), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(11), TAC(10), UAU(11), UAC(10),
Link: KX266757.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 877
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(11), AUU(10), AUC(9), AUA(11), AAA(10), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(7), CGG(8), AGA(10),
AGG(9), CGU(8), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(10),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: KC210145.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 894
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(7),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: KX364293.1
Infectious bronchitis virus
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 882
UGU(9), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(10), TTC(9), UUU(10), UUC(9), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(11), AUU(11), AUC(9), AUA(11), AAA(11), AAG(8), CTT(10),
CTC(8), CTA(10), CTG(10), TTA(11), TTG(10), CUU(10), CUC(8),
CUA(10), CUG(10), UUA(11), UUG(10), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(9), AAU(10), CCT(10), CCC(8), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(9), CAG(9), CGT(8), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(9), CGU(8), TCT(10), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(9),
AGC(10), UCU(10), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(9), ACT(11),
ACC(9), ACA(10), ACG(8), ACU(11), GTT(9), GTC(9), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(9), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(10), UAU(10), UAC(10),
Link: MF598594.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 912
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF598606.1
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(9), GCU(10), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 913
UGU(10), UGC(10), GAT(10), GAC(8), GAU(10), GAA(11), GAG(8),
TTT(11), TTC(10), UUU(11), UUC(10), GGT(9), GGC(10), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(9), CAC(10), CAU(9), ATT(11), ATC(9),
ATA(10), AUU(11), AUC(9), AUA(10), AAA(9), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(11), CUU(11), CUC(10),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(8), CCU(10),
CAA(8), CAG(9), CGT(10), CGC(8), CGA(8), CGG(8), AGA(9),
AGG(8), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(10),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: MF769444.1
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(9), TGT(9), TGC(10),Total Codons: 879
UGU(9), UGC(10), GAT(10), GAC(10), GAU(10), GAA(9), GAG(9),
TTT(10), TTC(10), UUU(10), UUC(10), GGT(8), GGC(8), GGA(8),
GGG(8), GGU(8), CAT(9), CAC(9), CAU(9), ATT(9), ATC(10),
ATA(9), AUU(9), AUC(10), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(11),
CTC(9), CTA(10), CTG(9), TTA(11), TTG(9), CUU(11), CUC(9),
CUA(10), CUG(9), UUA(11), UUG(9), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(8), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(8),
CAA(9), CAG(9), CGT(9), CGC(8), CGA(9), CGG(7), AGA(10),
AGG(9), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(11), UCC(9), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(11),
ACC(8), ACA(10), ACG(9), ACU(11), GTT(9), GTC(10), GTA(9),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(9), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(10), TAC(9), UAU(10), UAC(9),
Link: KJ623926.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(9), GCA(9), GCG(7), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 890
UGU(10), UGC(9), GAT(10), GAC(9), GAU(10), GAA(9), GAG(8),
TTT(11), TTC(11), UUU(11), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(7), GGU(9), CAT(9), CAC(7), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(10), AAG(10), CTT(11),
CTC(10), CTA(11), CTG(9), TTA(10), TTG(10), CUU(11), CUC(10),
CUA(11), CUG(9), UUA(10), UUG(10), ATG(9), AUG(9), AAT(9),
AAC(9), AAU(9), CCT(9), CCC(7), CCA(9), CCG(9), CCU(9),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(10),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(8), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(10), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(9), UGG(9),
TAT(9), TAC(10), UAU(9), UAC(10),
Link: MG011342.2
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 905
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(10), GAG(8),
TTT(10), TTC(11), UUU(10), UUC(11), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(9), GGU(9), CAT(9), CAC(11), CAU(9), ATT(10), ATC(9),
ATA(9), AUU(10), AUC(9), AUA(9), AAA(9), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(9), CTG(10), TTA(10), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(9), CUG(10), UUA(10), UUG(11), ATG(9), AUG(9), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(9), CCA(8), CCG(7), CCU(10),
CAA(8), CAG(10), CGT(10), CGC(8), CGA(9), CGG(8), AGA(9),
AGG(9), CGU(10), TCT(11), TCC(9), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(10), UCU(11), UCC(9), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(11),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(11), GTT(10), GTC(9), GTA(9),
GTG(10), GUU(10), GUC(9), GUA(9), GUG(10), TGG(10), UGG(10),
TAT(9), TAC(9), UAU(9), UAC(9),
Link: KJ645696.1
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)
Codon (Counts):
GCT(10), GCC(10), GCA(9), GCG(8), GCU(10), TGT(10), TGC(9),Total Codons: 900
UGU(10), UGC(9), GAT(8), GAC(10), GAU(8), GAA(10), GAG(8),
TTT(11), TTC(12), UUU(11), UUC(12), GGT(9), GGC(9), GGA(9),
GGG(8), GGU(9), CAT(10), CAC(8), CAU(10), ATT(10), ATC(8),
ATA(8), AUU(10), AUC(8), AUA(8), AAA(10), AAG(9), CTT(12),
CTC(11), CTA(11), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(12), CUC(11),
CUA(11), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(10), AUG(10), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(7), CCA(9), CCG(10), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(9), CGA(8), CGG(9), AGA(9),
AGG(8), CGU(9), TCT(11), TCC(10), TCA(10), TCG(9), AGT(9),
AGC(9), UCU(11), UCC(10), UCA(10), UCG(9), AGU(9), ACT(10),
ACC(8), ACA(9), ACG(9), ACU(10), GTT(9), GTC(10), GTA(8),
GTG(9), GUU(9), GUC(10), GUA(8), GUG(9), TGG(10), UGG(10),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
Link: KT253328.1
Camel alphacoronavirus Camel229E
Codon (Counts):
GCT(9), GCC(9), GCA(10), GCG(9), GCU(9), TGT(10), TGC(10),Total Codons: 886
UGU(10), UGC(10), GAT(9), GAC(8), GAU(9), GAA(9), GAG(8),
TTT(12), TTC(11), UUU(12), UUC(11), GGT(10), GGC(8), GGA(9),
GGG(9), GGU(10), CAT(9), CAC(8), CAU(9), ATT(11), ATC(7),
ATA(9), AUU(11), AUC(7), AUA(9), AAA(11), AAG(10), CTT(9),
CTC(9), CTA(10), CTG(10), TTA(9), TTG(11), CUU(9), CUC(9),
CUA(10), CUG(10), UUA(9), UUG(11), ATG(8), AUG(8), AAT(10),
AAC(10), AAU(10), CCT(10), CCC(6), CCA(9), CCG(8), CCU(10),
CAA(10), CAG(8), CGT(9), CGC(8), CGA(8), CGG(7), AGA(7),
AGG(9), CGU(9), TCT(10), TCC(10), TCA(9), TCG(8), AGT(10),
AGC(8), UCU(10), UCC(10), UCA(9), UCG(8), AGU(10), ACT(9),
ACC(9), ACA(10), ACG(9), ACU(9), GTT(11), GTC(10), GTA(9),
GTG(10), GUU(11), GUC(10), GUA(9), GUG(10), TGG(11), UGG(11),
TAT(8), TAC(9), UAU(8), UAC(9),
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