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Sunday, November 20, 2022

Quantum Biology - 17

Fig. 1 Dr. Paul Falkowski
I. A Truth Gets Exposed

I have posted a video of Dr. Paul Falkowski who said:

"I just want to begin this by thinking about a bridge. In this particular case, it's an obvious bridge. And if you think about evolution, you know where we've come to, but you don't know where we began. So origins of life is one of the most challenging problems facing science. Actually, as my friend and colleague Nick Lane says, it's the black hole of science. It's an embarrassment. And it's a very complicated problem.  ... There's hydrogen ... carbon ... nitrogen ... oxygen ... phosphorus and sulfur ... elements make up life." -Dr. Paul Falkowski

(emphasis added; See Fig 1).

II. The Elements In Genomes

In recent Dredd Blog posts the DNA/RNA of humans, Toxoplasma gondii, E. coli, corona viruses, and bacteria have been shown to be composed of the same unique Amino acids ("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"), proteins, molecules, and atoms (see e.g. Small Brains Considered - 13, Quantum Biology - 15, Quantum Biology - 5).

Those genetic components vary in quantity, not quality eh?

The elements that Dr. Paul Falkowski mentions are the predominant atoms that make up the molecules of DNA, RNA, amino acids, and proteins studied daily by geneticists.

The following HTML table is made from thousands of genomes from GenBank, as I have previously pointed out:

Unique Amino Acids
in the Proteins
made by Ribosomes
(underlined formulas
show codon atom totals):

Amino
Acid
Formula
& Name
DNA Codon
& Formulas
RNA Codon
& Formulas
ALA
(A)
C3H7N1O2
Alanine
GCT:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H16N10O4
GCC:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
GCA:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O2
GCG:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
GCU:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C13H14N10O4
GCC:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
GCA:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O2
GCG:
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
CYS
(C)
C3H7N1O2S1
Cysteine
TGT:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H17N9O5
TGC:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H16N10O4
UGU:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C13H13N9O5
UGC:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H14N10O4
ASP
(D)
C4H7N1O4
Aspartic acid
GAT:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H16N12O3
GAC:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O2
GAU:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H4N2O2
C14H14N12O3
GAC:
C5H5N5O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O2
GLU
(E)
C5H9N1O4
Glutamic acid
GAA:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15O1
GAG:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O2
GAA:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15O1
GAG:
C5H5N5O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O2
PHE
(F)
C9H11N1O2
Phenylalanine
TTT:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H18N6O6
TTC:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H17N7O5
UUU:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C12H12N6O6
UUC:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C12H13N7O5
GLY
(G)
C2H5N1O2
Glycine
GGT:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H16N12O4
GGC:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O3
GGA:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O2
GGG:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O3
GGU:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C14H14N12O4
GGC:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O3
GGA:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O2
GGG:
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O3
HIS
(H)
C6H9N3O2
Histidine
CAT:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H6N2O2
C14H16N10O3
CAC:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H15N11O2
CAU:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H4N2O2
C13H14N10O3
CAC:
C4H5N3O1
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ILE
(I)
C6H13N1O2
Isoleucine
ATT:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H17N9O4
ATC:
C5H5N5
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H16N10O3
ATA:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H16N12O2
AUU:
C5H5N5
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C13H13N9O4
AUC:
C5H5N5
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C13H14N10O3
AUA:
C5H5N5
C4H4N2O2
C5H5N5
C14H14N12O2
LYS
(K)
C6H14N2O2
Lysine
AAA:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15
AAG:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O1
AAA:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5
C15H15N15
AAG:
C5H5N5
C5H5N5
C5H5N5O1
C15H15N15O1
LEU
(L)
C6H13N1O2
Leucine
CTT:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C14H17N7O5
CTC:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C13H16N8O4
CTA:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H5N5
C14H16N10O3
CTG:
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C14H16N10O4
TTA:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H17N9O4
TTG:
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H17N9O5
CUU:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C12H13N7O5
CUC:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C12H14N8O4
CUA:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C5H5N5
C13H14N10O3
CUG:
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C13H14N10O4
UUA:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C5H5N5
C13H13N9O4
UUG:
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C13H13N9O5
MET
(M)
C5H11N1O2S1
Methionine
ATG:
C5H5N5
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H16N12O3
AUG:
C5H5N5
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C14H14N12O3
ASN
(N)
C4H8N2O3
Asparagine
AAT:
C5H5N5
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H16N12O2
AAC:
C5H5N5
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O1
AAU:
C5H5N5
C5H5N5
C4H4N2O2
C14H14N12O2
AAC:
C5H5N5
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H15N13O1
PRO
(P)
C5H9N1O2
Proline
CCT:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C13H16N8O4
CCC:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H15N9O3
CCA:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H15N11O2
CCG:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H15N11O3
CCU:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C12H14N8O4
CCC:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H15N9O3
CCA:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H15N11O2
CCG:
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H15N11O3
GLN
(Q)
C5H10N2O3
Glutamine
CAA:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5
C14H15N13O1
CAG:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C14H15N13O2
CAA:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5
C14H15N13O1
CAG:
C4H5N3O1
C5H5N5
C5H5N5O1
C14H15N13O2
ARG
(R)
C6H14N4O2
Arginine
CGT:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C14H16N10O4
CGC:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
CGA:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C14H15N13O2
CGG:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
AGA:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O1
AGG:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O2
CGU:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C13H14N10O4
CGC:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C13H15N11O3
CGA:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5
C14H15N13O2
CGG:
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H15N13O3
AGA:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5
C15H15N15O1
AGG:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H15N15O2
SER
(S)
C3H7N1O3
Serine
TCT:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H17N7O5
TCC:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H16N8O4
TCA:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H16N10O3
TCG:
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H16N10O4
AGT:
C5H5N5
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C15H16N12O3
AGC:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O2
UCU:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C12H13N7O5
UCC:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C12H14N8O4
UCA:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5
C13H14N10O3
UCG:
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C13H14N10O4
AGU:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C14H14N12O3
AGC:
C5H5N5
C5H5N5O1
C4H5N3O1
C14H15N13O2
THR
(T)
C4H9N1O3
Threonine
ACT:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H6N2O2
C14H16N10O3
ACC:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ACA:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O1
ACG:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O2
ACU:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H4N2O2
C13H14N10O3
ACC:
C5H5N5
C4H5N3O1
C4H5N3O1
C13H15N11O2
ACA:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5
C14H15N13O1
ACG:
C5H5N5
C4H5N3O1
C5H5N5O1
C14H15N13O2
VAL
(V)
C5H11N1O2
Valine
GTT:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H6N2O2
C15H17N9O5
GTC:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C4H5N3O1
C14H16N10O4
GTA:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H5N5
C15H16N12O3
GTG:
C5H5N5O1
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C15H16N12O4
GUU:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C4H4N2O2
C13H13N9O5
GUC:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C4H5N3O1
C13H14N10O4
GUA:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C5H5N5
C14H14N12O3
GUG:
C5H5N5O1
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C14H14N12O4
TRP
(W)
C11H12N2O2
Tryptophan
TGG:
C5H6N2O2
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C15H16N12O4
UGG:
C4H4N2O2
C5H5N5O1
C5H5N5O1
C14H14N12O4
TYR
(Y)
C9H11N1O3
Tyrosine
TAT:
C5H6N2O2
C5H5N5
C5H6N2O2
C15H17N9O4
TAC:
C5H6N2O2
C5H5N5
C4H5N3O1
C14H16N10O3
UAU:
C4H4N2O2
C5H5N5
C4H4N2O2
C13H13N9O4
UAC:
C4H4N2O2
C5H5N5
C4H5N3O1
C13H14N10O3

Unique Molecules in the Protein:
("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")

(C3H7N1O2 ~ C3H7N1O2S1 ~ C4H7N1O4 ~ C5H9N1O4 ~
C9H11N1O2 ~ C2H5N1O2 ~ C6H9N3O2 ~ C6H13N1O2 ~
C6H14N2O2 ~ C6H13N1O2 ~ C5H11N1O2S1 ~ C4H8N2O3 ~
C5H9N1O2 ~ C5H10N2O3 ~ C6H14N4O2 ~ C3H7N1O3 ~
C4H9N1O3 ~ C5H11N1O2 ~ C11H12N2O2 ~ C9H11N1O3)

III. Why So Much Sameness In So Much Difference?

One very useful explanation is presented by Dr. Bonnie Bassler in the following video presentation:


Microbes
Video Index (time - subject)

00:21 - microbes are oldest life forms on Earth
01:03 - 10 times more microbes than human cells in us
01:31 - 100 times more microbial genes than human genes in us
02:00 - microbes are 99% of our make-up; they keep us alive
02:20 - microbes are vital for keeping us alive and healthy
04:20 - microbes talk with a molecular language
07:50 - quorum sensing (like a census) to know population count
08:20 - Intra species communication (shape of words) dialects
10:50 - microbes communicate with other microbes (multi-lingual)
11:20 - they take a census of all other microbes around them
12:30 - synthetic molecules-words interrupt communication
13:50 - synthetic molecules-words confuse the microbes
15:00 - they have collective, community behaviors
15:20 - microbes made the rules for multi-cellular development
16:00 - microbes invented multi-cellular behavior inside us
17:15 - the team

Dr. Bonnie L. Bassler, Princeton University:



The next post in this series is here, the previous post in this series is here.

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