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Wednesday, January 19, 2022

It's In The GenBank

Attributes of the Image
Some readers may wonder where Dredd Blog gets the virus and microbe data featured in posts.

I download the 'sequences' from "The National Library of Medicine" databases in GBFF (GenBank) file format.

GBFF file format is comprehensive, yet each virus genome has a unique identifier: Version that identifies the changes in them.

A previous post displayed SARS-CoV-2 in that fashion but without the 'version' data included (On The Origin of Genieology - 4).

The following table (with numbers indicating the quantity of ACT&G  molecules per virus/gene) is an example of that same display (except the 'version' data is included):

SARS-CoV-2 Gene Analysis (by Country, 2020-2021)

Legend:

Columns:
Country = where virus was collected;
Version = NIH GenBank Identifier;
A,C,T, and G = column of molecule type;
gene = gene number a molecule type is in;
(example: gene = '1', A column = '6445'
there are 6,445 'A' molecules in gene 1.)

Changes:
The first virus, per country, has no molecular changes
marked, however, if the following viruses (collected later)
have changed, those count value changes are in bold
(because they do not match the original virus genome).


Country Version A C T G gene number
United States MT252714.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252718.1 6368 3717 6821 4210 1
1118 723 1269 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252720.1 6424 3741 6894 4230 1
1124 723 1271 703 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 27 65 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252722.1 6424 3741 6889 4228 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252724.1 6423 3741 6894 4230 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252727.1 6424 3741 6896 4228 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 27 65 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 314 266 280 10
35 21 42 18 11

 MT252743.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252744.1 6423 3739 6896 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252750.1 6424 3741 6895 4229 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252752.1 6424 3741 6894 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252753.1 6423 3743 6893 4230 1
1124 722 1272 703 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252754.1 6424 3742 6893 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
401 316 265 277 10
35 21 42 18 11

 MT252755.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 145 214 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 20 43 18 11

 MT252759.1 6423 3741 6894 4231 1
1122 723 1271 701 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252760.1 6423 3740 6895 4231 1
1125 723 1271 702 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 27 65 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252762.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
66 26 67 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252776.1 6423 3739 6896 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 67 25 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 266 279 10
35 21 42 18 11

 MT252777.1 6423 3740 6895 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 67 25 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 266 279 10
35 21 42 18 11

 MT252786.1 6424 3741 6894 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252789.1 6420 3739 6893 4230 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 314 266 280 10
35 21 42 18 11

 MT252791.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252796.1 6424 3742 6892 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252812.1 6423 3740 6895 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252813.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252814.1 6423 3741 6895 4230 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 27 65 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252815.1 6423 3741 6894 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252816.1 6423 3740 6895 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252817.1 6424 3740 6895 4230 1
1124 723 1271 703 2
225 174 276 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252818.1 6423 3740 6895 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 67 25 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252819.1 6424 3741 6892 4229 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT252820.1 6424 3741 6894 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT263438.1 6424 3742 6893 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 173 277 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT263454.1 6422 3740 6896 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
169 144 210 136 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT293163.1 6423 3740 6895 4231 1
1124 723 1271 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 65 133 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT308702.1 6424 3741 6894 4230 1
1123 723 1271 704 2
224 174 277 152 3
48 45 92 42 4
170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 64 134 67 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT308703.1 6425 3742 6893 4229 1
1124 722 1272 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 147 212 139 5
67 26 66 26 6
107 78 119 61 7
30 24 60 17 8
100 66 133 66 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

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 MT322409.1 6423 3741 6894 4231 1
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 MT322422.1 6424 3742 6895 4228 1
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 MT322423.1 6424 3742 6895 4228 1
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35 21 42 18 11

 MT322424.1 6424 3740 6895 4230 1
1123 723 1271 704 2
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35 21 42 18 11

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1124 722 1272 703 2
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48 45 92 42 4
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67 26 66 26 6
107 79 118 61 7
30 24 60 17 8
100 66 133 66 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT325573.1 6425 3743 6891 4230 1
1124 722 1272 703 2
224 174 276 153 3
48 45 92 42 4
170 147 212 139 5
67 26 66 26 6
107 78 117 62 7
30 24 60 17 8
100 65 133 66 9
399 315 265 280 10
35 21 42 18 11

 MT325574.1 6423 3740 6894 4229 1
1124 723 1271 703 2
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170 146 213 139 5
67 26 66 26 6
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30 24 60 17 8
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35 21 42 18 11

 MT326173.1 6421 3741 6893 4227 1
1123 722 1272 704 2
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 MT339043.1 6424 3740 6895 4230 1
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 MT344946.1 6425 3742 6893 4229 1
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35 21 42 18 11

 MT344947.1 6424 3740 6894 4230 1
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 MT350256.1 6424 3740 6895 4230 1
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35 21 42 18 11

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